#!/bin/bash -e

function info() {
    echo Usage: `basename $0` '[-n b] r1 r2 interval'
    exit 1
}

while getopts ":p:f:n:r:b:" opt; do
    case  $opt  in
        p) out_prefix=$OPTARG;;
        f) suffix=$OPTARG;;
        n) name=$OPTARG;;
        r) read_th=$OPTARG;;
        b) bed=$OPTARG;;
        *) info;;
    esac
done
shift $(($OPTIND - 1))

if [ $# -lt 3 ]; then info; fi

export var=/mnt/ilustre/app/medical/tools/script/var
. $var


if test -z "$name"; then
name=test
fi
interval=$3
bed=$3

fastqstat.sh -s$name -i$interval -t6 $1 $2
fastqc.sh -p$out_prefix $2
fastqc.sh -p$out_prefix $1

fp3.sh -p$out_prefix $1 $2

fastqc.sh -p$out_prefix.r1 $out_prefix.r1.fq
fastqc.sh -p$out_prefix.r2 $out_prefix.r2.fq


align2bam180713.sh -s$name -p$out_prefix $out_prefix.r1.fq $out_prefix.r2.fq

bam_sort_index.sh -p$out_prefix $out_prefix.bam
samtools flagstat $out_prefix.sort.bam > $out_prefix.sort.bamstat.txt


# umis.sh -c2 -p$out_prefix $out_prefix.realn.recal.bam

# out_prefix0=$out_prefix
# for m in cluster adjacency; do
# out_prefix=$out_prefix0.$m
umi.sh -p$out_prefix $out_prefix.sort.bam
samtools flagstat $out_prefix.umi.bam > $out_prefix.umi.bamstat.txt


realign_bam.sh -p$out_prefix -i$interval $out_prefix.umi.bam
samtools flagstat $out_prefix.realn.bam > $out_prefix.realn.bamstat.txt

# recal0630.sh -l $bed -p$out_prefix $out_prefix.realn.bam



fastqc.sh -p$out_prefix.realn $out_prefix.realn.bam
summ.sh -p$out_prefix.umi -s$name -g $out_prefix.umi.bam $interval


bam_filter.sh -p$out_prefix -q20 -i$interval $out_prefix.realn.bam
samtools flagstat $out_prefix.filter.bam > $out_prefix.filter.bamstat.txt

# mpp.sh -p$out_prefix -i$interval $out_prefix.umi.bam
# varscan.sh -p$out_prefix $out_prefix.mpileup


tes_zp.sh -p$out_prefix $out_prefix.filter.bam $interval


. $cmd_done
